在現行的我國稅收制度下EMCo的納稅負擔過重
基于市場運作的EMCo為客戶提供優質的服務，其中也包括通過面向全社會的采購為客戶優選節能設備。然而我國的稅務部門總是把EMCo看作是一般的節能設備銷售商，即誤認為EMCo是通過轉賣節能設備從中謀利的，因此把EMCo與客戶的節能服務合同看成設備購銷合同。這樣，就把EMCo的服務費視同一般節能設備銷售商的加價，納入增值稅的規范，也就是說，把本應該是服務稅的部分變成了增值稅；與此同時，EMCo的收益來自于節能效益分享，由于稅務部門把EMCo的服務看作簡單的設備銷售，因此把節能效益分享看成了設備銷售的分期付款。
根據我國的稅收制度的權責發生制，在EMCo把節能設備安裝到客戶后就被認定為設備銷售已經實現，這樣，在EMCo為客戶實施節能項目后還只剛剛開始分享節能效益（剛開始回收投資）時，就被認定應立即按合同全額上繳企業所得稅。本來EMCo為客戶出資做項目已承擔了風險，還得為尚未得到的收入提前支付所得稅，可以說是雪上加霜。希望有關部門認真研究，為EMCo的發展提供政策支持。
在中央財稅體系中缺乏與節能服務公司業務特征相適應的配套政策。如中央和地方財政預算的單位沒有支付節能服務收益的對應科目；節能服務公司開具的節能服務發票不能視同能源費用入賬抵扣；合同能源管理項目普遍存在提前納稅、超額納稅的現象，沒有對所產生的節能量予以法定認可的規程等。
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