目前農業領域的能源利用情況主要有以下幾個問題：一是化肥利用率不高，比發達國家平均低20個百分點。很多化肥施到地里后就流失到地下水和地表水里了，不僅造成浪費，而且污染環境。例如，巢湖流域每年有1億公斤左右的化肥流入水體，成為導致巢湖富營養化的一個主要因素。另外，過量使用氮肥還會產生大量氧化亞氮，其揮發到空氣中造成的溫室效應比二氧化碳還強，而我國農業源氧化亞氮排放占總量的90％以上。
其次是農藥方面。施藥不規范，農藥投入量和投入時間沒有控制好，什么時候用、用多少不夠科學。據專家估計，我國農藥由于超量施用以致平均單位面積施用量為發達國家的3倍。農機具方面，很多地方還在使用破舊的拖拉機，跑冒滴漏嚴重，效率不高。雖然國家有農機補貼，但農民常常還是沒有足夠的錢去及時更新農機。
此外，還有畜牧業污染。畜牧業固體垃圾量比生活垃圾還多，而且我國畜禽糞便排放無害化處理不足5％，尤其是規模化養殖場的畜禽糞便已成為我國主要的污染源之一。值得注意的是，畜牧業排放的溫室氣體量比交通運輸業還多，因此國際上有“少吃一點肉比少開一點車還要環保”的說法。總體來看，農業污染已與工業污染和生活污染形成三足鼎立之勢，農業污染減排刻不容緩。
農業節能減排不僅關系到能源消費，還關系到農業污染的排放。農業污染會直接危害到食品安全以及人的生存環境，不容忽視。
首先是直接節能減排方面。這幾年的數據表明，農業領域的三大能源——煤炭、石油、電力的消費彈性都大于1（即農業生產能源的增長速度大于農業生產總值增長速度），這說明能源的利用效率在下降。從結構彈性看，煤炭的結構彈性大于石油和電力，這表明煤炭的消費比重不斷上升，能源消費結構呈現不合理趨勢。也就是說，今后農業直接節能減排的潛力主要體現在提高能源利用效率和優化能源利用結構上。
其次是間接節能減排方面，應該主要從提高投入品利用效率上做工作。例如全國氮肥利用效率每提高1個百分點，可直接減少生產環節的能源消耗250萬噸標準煤；在灌溉方面，通過提高農業用水效率節約灌溉用能的潛力高達30%左右。此外，科學使用投入品可以達到從源頭上控制農業污染的排放。例如，如果化肥的施用量和施用方法合理，各種養分要素搭配科學，目前的化肥消耗量可以減少50%左右。如果農藥的施用時間正確，施用措施科學，可以減少目前農藥消耗量2/3左右。
農業節能減排的一個特殊而又非常重要的方面，就是要發揮生物質能原料生產的特點，促進生物質能源產業開發，既滿足農業節能減排中清潔能源的需要，又能補充國家總體節能減排中對清潔能源的戰略需求。
我國農村地區生物質能資源十分豐富。據專家估計，我國理論生物質能資源每年約有50億噸標準煤，是我國總能耗的4倍左右。我國引進、育成了甜高粱、甘蔗和木薯等多個優良能源作物品種，通過科學引導，可利用常規農業不能利用的荒山荒地大面積種植，既可提供可觀的生物質能原料，又可以發揮那些在現行產業結構下得不到充分利用的土地資源、生物資源等農業資源的開發潛力，通過創新產業結構為農業帶來新的經濟增長點。
說到可再生能源，就不能不提到沼氣。幾十年來，農業部以及相關部門對農村沼氣建設一直給予了高度關注，補貼政策由過去的戶用沼氣擴大到村用和大型畜禽養殖場的沼氣設施建設。目前來看，戶用沼氣的主要問題是管護服務沒有跟上，再加上不少農戶外出打工，家里不再搞養殖，一大批戶用沼氣池處于閑置狀態，浪費了國家和農戶的投資。村用和大型畜禽養殖場的沼氣設施建設不少地方已經開始，但總體數量還不足夠，相關的循環經濟的政策還沒有形成對沼氣工業化、市場化應有的推動。今后的關鍵是要建立長效化管理體系，不能光建不管。
要搞好農業節能減排，首先政府部門要重視，不能造成很大負面影響后才開始下力氣。而且，對農業節能減排要全面理解，不僅要看到直接能源消耗，還要看到間接能源消耗，不僅要看到溫室氣體排放，還要看到所有農業污染物的排放。政府理解和重視以后，核心的工作應放在工作機制上，要形成各部委高度合作的聯動機制，這不是環保部一家的事，也不是農業部一家的事，發改委也別想包打天下。而對企業和農民，國家要引導。因為解決環境問題不同于其他經濟活動，企業和農民付出了代價，但產生的環境效益往往又不能通過市場得到回饋，因此國家必須給予不斷的經濟激勵。
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